La nueva estructura organizativa tiende a la descentralización y con ello al impulso del poder ciudadano con especialización de funciones, estructurando para ello una Gerencia General que cuenta con el apoyo de un Gabinete Legal, siete divisiones administrativas y cuatro divisiones de apoyo para la ejecución de las políticas y proyectos, aglutinados en tres grandes grupos: La comisión administrativa legal, La comisión de planificación sectorial y la comisión de Ingeniería y Asistencia.
Se han organizado siete regionales con sedes ubicadas en Tegucigalpa en la región central; Siguatepeque para el área occidental; El Progreso en la región centro norte; La Ceiba en la región Atlántica; La Entrada en el área occidental; Olanchito en la región Nor oriental y Tegucigalpa para la región sur oriental.
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Tegucigalpa, Honduras, C.A.